一、活禽运输协议，如在运输途中死亡，该怎样赔偿？

正常死亡，不赔偿的。

鲜活的只要你保证正常时效，堵车和事故除外，都是不赔偿的。

二、鲤鱼在运输途中总是死好多，怎样才能减少运输途中的死亡呢？

在养殖经过中在饲料中添加适量的龙昌胆汁酸，提高鱼类抗应激能力，保护肝脏和肠道的健壮，提高饲料利用率，促进脂肪和脂溶性维生素的消化吸收，降低饵料系数，降低拉网和运输经过中的死亡率，使鱼类耐运输，在日常饲料中添加还能够改善鱼类的体型体色，有效预防鱼类脂肪肝和肝胆综合症的发生。

希望我的回答可以帮的到你。

三、运输活牛途中牛不明缘故死亡该怎样索赔，双方签订了运输合同，装车前有牛的相关健壮证明？

不考虑其他的，撞死的牛是意外死亡，依据财产损失来处理 走丢的牛是属于失踪，需要司法鉴定，开始基本保险不做处理，由于无法证明。